日前，农业部透露，微生物肥料已成为我国新型肥料中产量、应用面积广的品种。
据悉，目前我国新型肥料总产能在1600-1700万吨，微生物肥料占到了56.4%，几乎在所有作物上都有应用。
由于我国长期使用化学肥料，导致农业生产出现一系列问题，加上中国耕地复种指数高和连作生产，土壤持续生产能力下降，肥料利用率下降，土壤质量、农产品质量问题日益严重，而解决这些问题，离不开微生物肥料。
微生物肥料的功能特点与国家农业可持续发展道路相吻合，是国家战略的必然选择。其在提高肥料利用率、减少化肥用量方面大有作为。微生物肥料品种丰富，应用范围广，现在国家政策支持力度不断加强。目前，微生物肥料产品涉及微生物功能菌剂、生物有机肥、复合微生物肥三大类产品，使用的菌种数量超过150种。
在产业政策和产业定位上，2013年发布的《生物产业发展规划》，将微生物肥料列为高新技术产业和战略新兴产业，国家发改委将微生物肥料列为现代农业优先发展的技术之一。国家将在‘十三五’和更长时期支持和发展微生物肥料产业！预计未来微生物肥料将会占到肥料总量的15%左右，应用推广面积达到4亿亩以上。
据统计，目前国内微生物肥料生产企业已超过1000家，年产量1000万吨，产值200亿元。截至2015年10月，在农业部登记的微生物产品达2675个，累计应用面积超过2亿亩。我国生产的微生物肥料更是打进国际市场，30个产品年出口量近20万吨。
根据微生物肥料生产的标准，微生物肥料有六大功效：一是提供或活化养分的功能；二是产生促进作物生长活性物质的能力；三是促进有机物料腐熟功能；四是改善农产品品种功能；五是增强作物抗逆性；六是改良和修复土壤功能。