由于早、中稻秧龄期短，要求秧苗生长快而壮，但育秧季节又正值气温低，土壤中养分释放和肥料分解慢，所以应重施优质而的肥料，如人粪尿、草木灰和易于分解的幼嫩绿肥等有机肥作为秧田基肥。
水稻秧田阶段需要的养分以氮为多，其次为磷、钾等养分。因此，单纯靠有机肥料不能在数量和时间上及时满足秧苗生长的要求，必须适时、适量地施用氮、磷、钾化肥。
氮肥以往一般只作追肥施用，但近年来的研究和实践证明，在有机肥数量不足情况下，施用一定量的氮肥作基肥效果很好，可以达到以肥肥土，以土肥苗的作用，使供肥均衡，秧苗生长健壮且整齐。早、中稻秧田根据秧苗长相进行追肥，也是非常重要的。首次追施为断奶肥宜在插种后15天左右，即秧苗两、三叶一心期时，亩施尿素2.5kg或硫铵5kg左右；第二次为起身肥（即送嫁肥），早稻在移栽前2-3天，每亩施碳铵17.5kg左右为宜。
在秧田期，磷的吸收总量虽然较少，但磷对于细胞的增殖和新根的发育均有重要的作用，特别是在早、中稻育秧季节，由于秧田淹水期短，气温低，土壤磷量少，增施磷肥，对培育壮秧是非常重要的。一般每亩施用过磷酸钙25-50kg，以作基肥为好。
钾是秧苗阶段需要较多的养分之一。在秧田施钾不仅能促进根系发育，改善秧苗量，促使移植后早日恢复生长，且可减少阴暗天气、阳光不足对光合作用的不利影响，可提高秧苗的抗寒、抗病等能力。早、中稻育秧期间，正遇气温低，阴雨、光照不足的天气多，增施钾肥尤为重要。施用钾肥能大大地减少烂秧，培育壮秧，从而提高产量。群众早就有了早、中稻秧田施用草木灰作秧田基肥的经验，用量每亩大约70-100kg。因灰肥除可直接供给秧田所需的钾素及其它养分外，还有覆盖、吸热、保湿、防鸟害和使土壤疏松，秧苗易拔等优点。
随着复种指数、化学氮、磷、钾肥的增加和产量的提高，近年来我国一些地区出现水稻缺锌，施用锌肥效果显著。在缺锌的地区施用锌肥作早、中稻秧田的面肥或叶面喷施锌肥，保持秧苗体内具有一定的锌浓度，能使移栽后早返青、早分蘖，有利于提高产量。