目前菌肥没有被大面积推广施用，根本原因在于普遍农户思维陈旧对菌肥认知度明显不足，再有就是菌肥市场不够规范！对于菌种真假难辨！如对菌肥之功效、养分含量、施肥方法的掌握较生疏，就很难达到理想的效果。下面咱们就谈谈菌肥的正确施用和相关问题。
因地制宜
对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果更明显。
因温制宜
施用菌肥的-佳温度是25℃-37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌较适宜土壤的含水量是60%-70%.
因混制宜
应注意，不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。
因量制宜
对于多年来施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到第 一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。
因时制宜
生物菌肥不是肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施用，效果较佳。