蔬菜生产中的施肥策略以有机无机相结合的原则，有机肥的施用量要合理，而不要多多益善。首先掌握所施有机肥的养分含量，充分估算其对作物所供应的氮、磷、钾养分数量，要扣除有机肥所能提供的养分数量后，不足的部分再施用化学肥料补充，但是当前生产实践中，菜农往往不算有机肥养分只算化肥养分，而导致普遍存在着过量施肥的问题。
其一，关于有机无机的适当配比：以满足蔬菜作物周年所需氮素的供应量为例，有的国家提出，来自有机肥中的氮素比例占50%-60%为宜。粮农组织曾推荐，按照有机氮与无机氮之比为1∶（0.4-1），并以此确定有机肥与化肥的施用量。
其二，针对菜地土壤的质量特征选择不同种类有机肥，新菜田应选用化学养分高、的发酵有机肥，如粪尿、绿肥、饼肥；老菜田应选用含秸秆丰富，经过堆沤发酵的缓效有机肥。有些连作障碍严重的老菜田采用秸秆生物反应堆技术效果很好，就是利用秸秆改善土壤物理性状，又补充了充足的碳源。在有机肥种类中，选用堆肥产品包括粪尿秸秆固体垃圾等可提高蔬菜作物抗性和促根效应，改良土壤pH和土壤结构，提高土壤有机质数量，钝化菜田重金属活性，减轻重金属污染风险。
其三，有机肥施用时期，总的原则是针对有机肥具有缓效性的特点，将它作基肥或底肥施用，在播种或栽插前施用。不用它作追肥，要用化肥作追肥。
为此要制定合理的基追肥比例，对于高产果菜类作物，适量减少基肥施用量，增加追肥施用量。还有就是，要控制肥水投入，以便减少菜地的氮、磷养分的累积、淋洗和径流损失，减轻面源污染。