在蔬菜生产中施用有机肥，既可实现持续供应作物根层多种养分需求的目的，又可逐步提升菜地土壤的有机质与缓冲性能，并可减轻土传病害和重茬障碍等多方面的重要作用。所以，蔬菜生产从来都重视有机肥的施用。但是，在现代集约型高产高效优质蔬菜产业发展中，除了继续保持有机肥的投入以外，同时还有化肥的大量投入和大水大肥的交互投入。为了蔬菜生产的可持续发展，有必要对新形势下有机肥施用的问题与科学策略做出新的评价。
当前菜地有机肥施用中所存在的问题其一，施用的数量大，养分投入过量，尤其氮、磷投入过量，致使局部地区已出现环境问题。例如，由于粪尿类、食品加工残渣类有机肥都有含盐量较高的特点，所以有机肥过量施用可能会导致土壤盐分累积。
其二，有机肥种类单一，多为鸡粪猪粪等畜禽粪尿类。以鸡粪为例，含氮、磷养分较多，而碳氮比很低，这对土壤结构的调节功能是不足的。
其三，施用的性。例如，垃圾类有机肥中常含有重金属及放射性物质等污染物；动物粪尿类有机肥，由于饲料添加剂的残留也会有一定含量的重金属，如锌、铜、砷等；此外，秸秆类有机肥中往往还含某些病原微生物，如有害病菌和虫卵等。从市场调查中还发现，有的商贩为了使有机肥体积膨大，在粪尿肥中加入碱，这些碱性过强的有机肥会影响蔬菜生长等。一旦将这些问题有机肥施用到菜地，可能导致蔬菜产品中有害成分超标，构成对食品及环境的威胁。