对于普通肥料而言其功效也更为显著。但是，在施用有机肥的过程中，如果不能采用合理正确的方法，还是可能会给土壤造成严重的危害，甚至会严重影响到农作物的健康成长。
土壤是农作物成成长的根本，只有优质的土壤才能培育出更为茁壮健康的农作物，但是，当前，我国大部分的地区都存在土壤污染严重的问题，包括突然酸化、盐碱化以及结板等状况，这样的土壤几乎已经不能再种植任何作物，而且也成为一片废地。随着这个问题变得日渐严峻，农民们在将来都有可能要面临可耕种的土地越来越少的问题，这非常不利于农业的发展，也不利于农民的收益。
其实，土壤之所以会出现各种各样的污染问题，关键还是在于有机肥的使用方法不正确，在日积月累下导致土壤问题加剧。那么，如果没有正确使用有机肥究竟会给土壤造成哪些难以想象的危害呢？
一、土壤盐化
在大多数的有机肥中，都含有氯化钠成分，尤其是像鸡粪里更是含有大量的氯化钠。不少农民总认为，一次性大量施用就能达到更好的效果，所以在施用时根本没有按照相应的比例施用，而是盲目大量施用。结果导致土壤失去了活性，盐化问题加重，也让土壤失去了吸收其他元素的能力，这样在无形之中就会导致农作物生长缓慢，进而直接影响到终的产量，不仅不会让农民获得预想的收益，还有可能导致钱财的白白流失。
二、烧根
不少农民为了省事儿有时会直接将有机肥用在田里，这种方式确实比较省时间省精力，但是，也非常容易出现烧根的现象。因为将有机肥直接施用的过程中会导致土壤的温度瞬间升高，将手放在土壤上也能明显感受到这种温度变化。这正是有机肥进入土壤之后出现的发酵现象，当时一瞬间散发出的热量很容易导致植物的根系受到严重的影响，很可能会因为超过耐温极限，终将根系烧坏死掉。
三、虫害
在不少有机肥中都还有大量的病菌虫卵，这些细微的难以用肉眼观察到的病菌会很快进入土壤之中，并且当遇到适宜的温度时还可能大量繁殖，进而导致虫害泛滥，终也将严重破坏土壤的营养成分，进而影响农作物的健康生长。