如果丝瓜施肥不及时，易发生脱肥现象，造成雌花黄萎、脱落，正在生长发育的果实会发育畸形，影响产量和品质。
实际栽培中，每收获1～2次丝瓜，就必须追一次肥，每次可迫肥硫酸铵0.5克/千克土或尿素05克/千克土，也可施入氯磷钾复合肥料0.5克/千克土。施肥时埋入土中（复合肥必须埋入土壤中），在离植株根约12厘米处挖约10厘米深的穴，埋入肥料，施肥后应进行浇水。丝瓜还可结合打药等进行叶面施肥，如喷施0.4%的尿素溶液等。
丝瓜虽然较耐贫脊，但在肥水充足的条件下，生长健壮，根深叶茂，花果多，瓜条粗直。所以栽培丝瓜除施足基肥外，在定植时浇定根水时可少量施肥，以促进缓苗生长。以后浇水时均可进行追肥。丝瓜对高浓度的肥料也能忍受，肥料充足时也不易发生徒长。丝瓜的整个栽培过程中，其追肥次数和追肥量应比其它瓜类多。