大豆对氮磷钾的需求量较多，特别是氮肥、磷肥的需求，磷克促进根部发育，而大豆缺氮会早知真叶发黄，影响光合作用。
大豆需肥较多，每生产100kg大豆需氮8.30kg，磷1.64kg，钾3.72kg。大豆所需氮素很多，其一来自土壤和肥料中所含的氮素，其二来自根瘤菌的共生固氮，后者大约能满足高产大豆所需氮的1/2～2/3。施用化学氮过多时，根瘤数减少，固氮率降低，会增加大豆生产成本。一般认为，在特别缺氮的地方，早期施氮可促进幼苗迅速生长。大豆幼苗期是需氮关建时期。播种时施用少量的氮肥能促进幼苗的生长。
磷有促进根瘤发育的作用，能达到“以磷增氮”效果。磷在生育初期主要促进根系生长，在开花前磷促进茎叶分枝等营养体的生长。开花时磷充足供应，可缩短生殖器官的形成过程；磷不足，落花落荚显著增加。钾能促进大豆幼苗生长，使茎秆坚强不倒伏。
在酸性土壤上施用石灰，不仅供给大豆生长所必须的钙营养元素，而且可以校正土壤酸性。石灰对提高土壤pH值的作用，往往高于增加营养的作用，使土壤环境有利于根瘤菌的活动，并增加土壤中其他营养元素的有效性，如钼。另外，钙对大豆根瘤形成初期非常重要。土壤中钙增加，能使大豆根瘤数增多。但是施用石灰也不可过多，一般每公倾不要超过450kg。生产上施用过磷酸钙可以满足大豆对钙的需求。
春大豆缺氮先是真叶发黄，可从下向上黄化，在复叶上沿叶脉有平行的连续或不连续铁色斑块，褪绿从叶尖向基部扩展，以至全叶呈浅黄色，叶脉也失绿；叶小而薄，易脱落，茎细长。缺磷根瘤少，茎细长，植株下部叶色深绿，叶厚，凹凸不平，狭长；缺磷严重时，叶脉黄褐色，后全叶呈黄色。缺钾叶片黄化，症状从下位叶向上位叶发展；叶缘开始产生失绿斑点，扩大成块，斑块相连，向叶中心蔓延，仅叶脉周围呈绿色。黄化叶难以恢复，叶薄，易脱落。
大豆采用有机无机肥料配施体系，以磷、氮、钾、钙和钼营养元素为主，以基肥为基础，基肥中以有机肥为主，适当配施化肥氮磷钾。一般大豆施肥量为氮～4kg/亩，磷6～8kg/亩，钾3～8kg/亩，包括有机肥和无机肥中纯有效养分含量之和，其中氮包括基肥和追肥氮用量之和。