黑木耳菌棒制作好之后，要进行发菌管理，这个近段非常重要，关系到黑木耳的产量质量问题，一定要非常注意温度问题。
黑木耳的生长不用施肥，主要的是依靠菌棒制作及发菌管理，在黑木耳发菌管理管理时要注意以下三点：
菌棒培养应选择清洁卫生、干燥、通风条件好的场地。场地应事先打扫干净，用硫磺薰蒸或用5％的苯酚（或过氧乙酸）喷洒进行杀虫和空间消毒，适时通风换气，待药剂的气味散发后，搬进接种后的菌棒。菌棒移入培养室内发菌一般堆高7—8层，应按“井”字形或三角形排放在室内。若在室外层架堆放，要求层离地面40厘米以上。黑木耳菌丝营养生长阶段不需要光线，应避免强光直射。
温度黑木耳发菌管理重要的一点。黑木耳接种后10天内室温以26—28℃为宜（不宜超过30℃），在菌孔发出菌丝直径有6—8厘米大时需及时揭膜，做到早、晚通风增氧，以促进菌丝萌发；当菌丝吃料约10厘米后，应将温度控制在24—26℃：保持通风；接种20天后，室温以22℃左右为宜，此时应特别注意散堆，适当增加通风次数；40天后菌丝进人生理成熟阶段，袋温逐渐下降，应根据温度变化开关门窗调节室温。关门增温时一定要注意及时通风，防止“烧菌”。
在菌丝长满菌袋后要进行刺孔养菌。选择阴凉天气，用5—8.3厘米长的铁钉板进行刺孔排气，每袋菌棒刺孔9—10行，共约100—110个孔（若选择不脱袋栽培还需要增加刺孔量），并创造良好的通风透光条件，以利于菌丝恢复生长，促进生理成熟，形成耳芽。在刺孔局部有耳芽形成，但尚未长出袋口时，即可选择阴凉天气进行脱袋排场。脱袋时，场地应保持潮湿。