浅水莲藕缺素会导致一系列病害，同时还会导致严重减产，因此需要及时防治，防治方法主要是增施有机肥、微肥。
浅水藕缺素诱发的生理病害，一般始发于5月上中旬，7-8月份高温季节达到高峰。发病轻的田块可减收20%-30%，严重的减收60%-80%。初发病时，新生叶片刚出水面就呈轻微萎蔫状，叶脉渐失绿变淡，在叶片边缘生褐色斑点并逐渐扩大，直至整个叶片枯死，但地下茎无病症。
发病的浅水藕一般连茬5年左右。由于土壤长期淹水，透气条件较差，土壤中铜、锌、铁等微量营养元素难以满足浅水藕的生长需要。同时，施用有机肥偏少，追施氮肥偏多，也易诱发生理病害。
防治浅水连茬莲藕缺素症的方法主要有：勤换茬。一般每3-4年换茬一次，这是控制生理病害的根本途径；增施有机肥，控制氮肥用量；增施微肥。在4月底藕田只有薄水时，亩用硫酸铜1.0-1.5千克、硫酸亚铁2.0-2.5千克、钙镁磷肥25-30千克拌干细土撒施。在浅水藕生长前中期，每亩可用惠满丰营养液肥150-200毫升兑水30千克叶面喷施1-2次，以防其他病害发生。