紫苏在中国种植约有2000年历史，明代李时珍曾记载:"紫苏嫩时有叶，和蔬茹之，或盐及梅卤作菹食甚香，夏月作熟汤饮之"，可见紫苏在中国人的饮食中很常见。但是病虫害的发生使种植者蒙受经济损失，由于危害严重，使紫苏品质严重降低。及时进行农药防治十分必要。
1.猝倒病：幼苗发病，茎基部水渍状，后变为黄褐色，绕茎扩展，并缢缩成线状而倒伏，此时子叶仍为青绿色。几天后，以此病苗中心向外扩展，成片倒伏。低温多雨，播种过密病害发生严重。地面湿度大时，病部及周围表土可见到一层棉絮状白霉。
防治方法：加强检查，发现零星病株，立即挖除并撒少量草木灰。发病初期，可选用65％代森锰锌可湿性粉剂500倍液，50％多菌灵可湿性粉剂500倍液，75％百菌清可湿性粉剂600倍液喷雾防治，7天喷1次，喷药2～3次，以控制病害蔓延。
2.锈病：主要危害叶片。叶片初发病时，由下而上在叶背上出现黄白色斑点，后扩大至全株；后期病斑破裂，散发出橙黄色甚至黑色粉末状物，直至叶片枯黄脱落，提早枯死。
防治方法：播种前，用种子重量0.4％的15％三唑酮拌种。小编建议在发病初期，或选用1：1：200的波尔多液，25％三唑酮可湿性粉剂2000倍液，15％三唑酮可湿性粉剂1000倍液，25％丙环唑可湿性粉剂4000倍液，50％硫磺胶悬剂400～500倍液喷雾防治，7～10天喷1次，连喷2～3次。
3.白粉病：俗称白毛病，是一种真菌性病害，病菌在田间病残体上越冬，成为翌年初侵染源。发病适温为16～24℃。高温高湿与高温干旱交替天气，植株生长势弱时，发病严重。
防治方法：发病初期，可选用25％三唑酮可湿性粉剂2000倍液，15％三唑酮可湿性粉剂1000倍液，40％多硫悬浮剂500倍液，50％甲基硫菌灵胶悬剂500倍液喷雾防治，7～10天喷1次，连喷2次；也可在刚发病时，立即喷洒小苏打500倍液，每隔3天喷1次，连续4～5次。
4.根腐病：属真菌病害，主要靠雨水、未腐熟的农家肥和农具传播。在高温多湿、低洼积水、土质粘重、多年重茬的情况下，发病严重。危害根茎，主根受害腐烂，不出侧根，植株矮小，严重时茎叶枯萎死亡。
防治方法：发病初期，可选用杀菌剂50％甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，75％百菌清可湿性粉剂600倍液，75％敌磺钠可湿性粉剂1000倍液，或40％多硫悬浮剂800倍液喷雾防治。主要喷洒根茎部，7天左右1次，连喷2～3次。
5.斑枯病：6月始发，直至收获均可为害，主要为害叶片，发病初期在叶面出现大小不同、形状不一的褐色或黑褐色小斑点，往后发展成近圆形或多角形的大病斑，直径0.2～2.5厘米。病斑在紫色叶面上外观不明显，在绿色叶面上较鲜明。病斑干枯后常形成孔洞，严重时病斑汇合，叶片脱落。在高温高湿、阳光不足以及种植过密、通风透光差的条件下，比较容易发病。
防治方法：发病初期，可以使用65％代森锌可湿性粉剂600～800倍液，1：1：200波尔多液，70％代森锰锌500倍液，58％甲霜灵锰锌400倍液。要注意每隔7天一次，连喷2～3次，在收获前半个月停止喷药。