农业种植中有许多对作物有害的微生物病菌，对农业造成巨大损失，全世界的农作物由此平均每年减少产量约500Mt。所以杀菌剂在农业种植中是必不可少的，那么如何选择合适的杀菌剂呢？
（1）要贯彻以预防为主的方针，治防结合病害发生前选用保护性杀菌剂，病害发生初期选用内吸性杀菌剂或与保护性杀菌剂混合使用。
（2）根据传病规律，采取相应对策如蚜虫、飞虱等传播病毒造成的病害，则应在带毒害虫为害作物前治虫。秧苗带菌则应先处理秧苗后下田。土传病害大多采用药剂处理土壤、苗床。对气传病害，大都用常规叶面喷雾、喷粉。锈病、白粉病为害麦类，也可以用内吸剂处理种子。
（3）针对作物需防治的病害，对症选药选择有效的，不是一药治百病，也不能盲目地追求高效、广谱。
（4）重视一些常用保护性杀菌剂的使用不要刻意追求高效、内吸、广谱杀菌剂，例如波尔多液及铜制剂、石硫合剂、百菌清、代森锰锌等是近年广泛应用的品种。
（5）合理轮用不能连续使用同一种杀菌剂，也不能一个生长期连续数次用同一类杀菌剂，对内吸性杀菌剂应限制使用次数，轮换使用其他不同作用机制的杀菌剂。
（6）合理混用长期使用内吸性杀菌剂，病菌容易产生抗药性，使用时可与保护性杀菌剂如代森锰锌等配合使用。
（7）防止不正确的混用如代森锰锌不能与铜制剂、汞制剂、强碱性农药混合使用，石硫合剂不能与波尔多液等铜制剂、碱性条件下易分解的农药混合使用。