茶树菇发菌速度慢，培养时间长，易受链孢霉菌为害；出菇阶段易发生细菌性病害及菌蚊等为害。茶树菇出菇不齐，给防治菌蚊带来不便，所以要掌握虫情，结合出菇动态，采用高效、低毒的药剂。
①、病害防治：
幼菇期常遇到细菌性病害，定期在地面撒石灰粉或喷石灰粉加漂白粉混合剂，可减轻病害发生。病害发生应及时清理干净，根据具体情况选择如下药剂喷洒：70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1500倍、80%二氯异氰尿酸可湿性粉剂1000倍、10%特克多可湿性粉剂1000倍、50%多菌灵可湿性粉剂1000倍、65%代森锌可湿性粉剂500倍。
②、虫害防治A、驱避或毒饵：在门窗处挂上醮有敌敌畏的棉布条，可防蚊、蝇进入。螨类较多可用500克醋酸、50克红糖和500克水的混合液，滴入数滴敌敌畏拌均匀，用布条沾上混合液，挂在菇架上，每隔一定时间取下布条，泡入开水中，将虫杀死，布条浸入糖醋液反复多次使用，效果显著。
B、直接喷洒农药：若发现虫、螨较多时，在每潮菇采收后，选用如下药剂喷杀：2.5%溴氰菊酯乳剂2500-3000倍、20%杀灭菊酯乳剂1500-2000倍，20%绿百事乳剂2000-3000倍。