小麦全蚀病在苗期和成株期均可发病，以近成熟时病株症状为明显。幼苗期病原菌主要侵染种子根、茎基部，使之变黑腐烂，部分次生根也受害。病苗基部叶片黄化，心叶内卷，分蘖减少，生长衰弱，严重时死亡。
病苗返青推迟，矮小稀疏，根部变黑加重。拔节后茎基部1-2节叶鞘内侧和茎秆表面在潮湿条件下形成肉眼可见的黑褐色菌丝层，称为“黑脚”，这是全蚀病区别于其他根腐病的典型症状。重病株地上部明显矮化，发病晚的植株矮化不明显。由于茎基部发病，植株早枯形成“白穗”。田间病株成簇或点片状分布，严重时全田植株枯死。
一、病害发生规律：病菌主要以菌丝体随病残体在土壤中越夏或越冬，成为第二年的初侵染源。存活于未熟腐有机肥中的病残体也可作为初侵染源。以寄生方式在自生麦苗、杂草或其他作物上的全蚀病菌也可以传染下一季作物。上述各类初侵染源中以病残体上的菌丝作用。子囊孢子落入土壤后，萌发和侵染受到抑制，虽能导致一定发病，但其作用远不如病残体中的菌丝重要。小麦全蚀病菌为土壤寄居菌，病原在土壤中存活年限因试验条件和方法不同其结果也不一致，从1-2年至3-5年不等，一年轮作可使病害减轻。
此病是一种土传病害，施用带有病残体的未腐熟的粪肥也可传播病害。田间浇水、翻耕犁耙等导致病菌在较近距离的扩散。关于种子传病及新病区发病的初传染源，一直存在争论。所谓“种子传病”，一般是指种子间混杂的病残体的传病作用。将病残体混入种子或将收集的种子夹杂物混入土壤能够引起发病。但生产用种子中混杂的病残体数量很少，以病区生产用种作传病试验并没成功。无病区禁止从病区调运种子。
二、发病条件
1、耕作措施：小麦-玉米-小麦连作有利于土壤中病原菌积累，病害逐年加重。合理耕作能减轻发病，但轮作不当则不一定减轻发病。实施免耕或少耕，降低土壤的通气性，能减轻发病。早播较适期迟播发病重。
2、营养因素：主要营养元素缺乏有利于全蚀病发生，但营养元素对全蚀病发生的影响较为复杂，一般认为土壤缺氮引起全蚀病严重发生，施用氮肥后全蚀病严重度降低。也有报道称施用铵态氮（NH4-N）能减轻小麦发病，加重春大麦发病；施用硝态氮（NO3-N）能增加全蚀病菌的侵染，降低产量。增施有机肥，提高土壤中有机质含量能明显减轻发病是非常明确的。土壤中严重缺磷或氮磷比例失调是全蚀病危害加重的重要原因之一。施用磷肥能促进植物根系发育，减轻发病，减少白穗，保产作用明显。钙等其他营养元素对病害也有一定的影响。
3、土壤性质及温湿度：沙土保肥水能力差，利于发病。黏重土壤，病害较轻。偏碱性土壤发病重于中性或偏酸土壤。冬麦区冬季温暖、晚秋早春多雨发病重。水浇地比旱地发病重。夏季高温多雨有利于田间病残体的腐熟，降低菌量，能减轻冬麦发病。
4、品种抗病性：目前国内外均缺乏抗全蚀病的品种，小麦属和大麦属也缺乏可利用的抗源，仅在感病程度上有差异。
三、病害控制及防治措施
1、合理轮作：重病区轮作倒茬可控制全蚀病危害，零星病区轮作可延缓病害扩展蔓延。轮作应因地制宜，坚持1-2年与非寄主作物轮作一次，如花生、烟草、蕃茄、甜菜、蓖麻、绿肥等。
2、平衡施肥：增施有机底肥，提高土壤有机质含量，每亩施用腐熟有机肥6000公斤左右。无机肥施用应注意氮、磷、钾的配比，土壤磷达0.06%、全氮含量0.07%、有机质含量1%以上，全蚀病发展缓慢；磷含量低于0.01%发病重。
3、生物防治：对全蚀病衰退的麦田或即将衰退的麦田，要推行小麦两作或小麦玉米一年两熟制，以维持土壤拮抗菌的防病作用。
4、药剂防治：用12%三唑醇可湿性粉剂按种子重量0.02-0.03%拌种，防病效果较好。2.5%适乐时种衣剂按1：1000包衣处理，对小麦全蚀病有一定防效。苗期每亩可用20—30克12.5%禾果利或50%多菌灵500克，对水200公斤，沿垄喷茎基部。