平菇的生长环境一定要保持卫生，否则会出现病虫害或者引起杂菌孽生，这些都严重影响平菇产量，因此，一定要加强管理。下面我们来介绍一下，一些平菇生长过程中常见的病虫害及碰到的问题。
青霉初期为白色，以后变成浅绿色。木霉一开始即为绿色，以后绿色逐渐加深。湿度高，通风不良，酸性环境易发生，这两种杂菌都会污染平菇，发生这种状况时，可挖掉污染部位，然后洒上多菌灵原粉或生石灰。注意料内污染，应全部烧掉或深埋。
菌蛆主要危害菌丝体或子实体。菌蝇、蚊等的幼虫都是白色或黄色没有脚的小蛆，会蛀食子实体。可衰老的菌丝体，或利用成虫趋光性，设杀虫灯进行诱杀，或喷高效低毒农药，如敌百虫1000倍液喷射，能杀死幼虫和虫卵。
菌螨属于蜘蛛纲、蜱螨目的一些小虫，个体很小，黄白色，成堆时是淡黄褐色，像灰尘或米糠，繁殖力很强行动迅速，会吃菌丝和菌盖，造成菇蕾枯萎。可将原料充分晒干，周围环境喷敌敌畏，发生后用4％三氯杀螨醇乳剂800倍液喷洒。
跳虫的成虫有灵活的尾部，弹跳如蚤，咬食子实体。可喷洒0.1％的鱼藤精。
还有一些害虫如古语蛄蝓、蚂蚁、蟑螂、蝼蛄等，防治时可在地面撒些生石灰。
在室内或地道，连续栽培平菇，往往引起病虫、杂菌的严重危害，导致失败。形成次栽培产量高，第二、三次严重污染，甚至无收。究其原因：因每次栽培后不消毒，平菇生长过程中产生有害 代谢产物，积累在床架、洞壁上。菌丝体衰老，室内或工事阴暗，潮湿、通气差等原因，引起了杂菌孽生、虫害横行。防治方法：要注意环境卫生，墙壁用5％-6％碱水冲洗、刷净，地面洒生石灰，或喷洒石灰酸消灭杂菌。另外喷洒杀虫药剂，消灭毒虫。用甲醛、硫磺等药品密闭熏蒸消毒。