天麻软腐烂窝病，是天麻栽培种产量低的原因之一。软腐的米麻、白麻，其块茎皮萎黄，中心腐烂，块茎的切面渗出异臭的白色浆水浓液，天麻依靠蜜环菌生长，天麻被蜜环菌当做寄主、菌丝与天麻块茎接触时开始的。
蜜环菌的菌丝沿天麻块茎贴生延伸，蜜环菌对环境的适应能力很强，在图文6-32℃下均能生长，但在土温15-25℃、土壤湿度50%-70%为适宜。菌丝体与块茎接触后，很快沿地块茎表皮蔓延并产生根毛状菌丝，穿透天麻块茎表皮侵入溶菌层被溶解，提供天麻生育的营养。在利于天麻生长的环境条件下，侵入的蜜环菌菌丝越多，块茎生长越快，由于天麻在生育中对环境的适应能力较蜜环菌弱。
天麻软腐烂窝是一种生理性病害，导致发病的主要原因是环境条件不佳，土质选择不当，软腐烂窝多见于土壤保墒、透气性能差的黄泥地，蜜环菌的生长发育不良，天麻得不到原因的及时供应蔫腐而亡。应及时的防治天麻软腐烂窝病害的发生，防治方法，选择团粒结构好、渗水性能强、含腐殖质丰富的沙壤土，湿度为40%，栽培季节以冬季为主，通常采取旧菌材，以补偿蜜环菌菌材营养，控制蜜环菌的长势过旺，在栽培时，将培养的菌床打开，一般每10根菌材下中500-750克，麻种紧靠菌材之间，新材间多加菌枝，穴底除铺有一层栎树叶外，每栽一层并适量充填栎叶腐殖土，栽后上盖树叶，覆土10-15厘米。
天麻管理简单，主要是防旱、防涝、防寒和保墒。在低山区，为防止干旱，可在穴旁种几株玉米为旱象指示植物，发现玉米卷叶时适量喷水防旱。阴雨季节，在栽培区上坡开沟排水。在高山区，寒冬季节要加盖树叶。此外，要防止人畜踩踏和农药污染等。