沼肥由沼液及沿渣组成，是一种绿色环保、优质的有机肥。据测定，沼液中含有丰富的氮、磷、钾、钠、钙等营养元素。沼渣中除含上述成分外，还含有有机质、腐植酸等。因此，沼肥常被用在农业生产中，像种柑橘、种梨、种西瓜、种蔬菜、种水稻、种烤烟、种花生、栽培蘑菇等。但在施用过程中还应注意以下几方面。
沼肥出池后不能立即施用沼肥是在无氧条件下发酵产生的，还原性强，若出池后立即施用，会与作物根系争夺土壤中的氧气，影响蔬菜根系功能。因此，沼肥出池后，一般要先在贮粪池中存放5~7天，可按10∶1的比例加入磷肥混合堆沤施用。
沼肥作追肥时一定要对水稀释沼肥作追肥施用时，要先对水，一般按1∶1的比例对水。沼肥施用后要及时覆土，以减少肥分损失，同时要做到随用随取。有专家曾经指出：沼肥施于地表，若不及时覆土，铵态氮损失可达50%。另外，沼肥的施用量也不能太大，每亩施用1200公斤左右即可。
沼肥不能与碱性肥料混施碱性较强的肥料与沼肥混合，会造成氮肥的损失，降低肥效。此外，沼肥作为底肥施用前，要在贮粪池中适当堆沤，以杀死部分残留的病原菌。