茄子的种子扁平，呈肾形，颜色为赤黑色或黄色，有光泽。种皮有细纹而无毛。陈种子或采种时未洗干净的种子呈淡褐色，失去光泽。种子的长度3.1～3.7毫米、宽度2.6～3.1毫米、厚度0.8～1.1毫米，千粒重4～5克，即每克种子200～250粒。茄子的种子由种皮、胚乳和胚组成。胚乳中充满蛋白质、脂肪等营养物质，是种子萌发和出土时所需养分及能量的来源。
茄子种子的发育比果实发育迟，果实在商品成熟期采收时，种皮仍十分柔软，并不影响食用。一般在开花后60天左右，当果实达到生理成熟（老熟）时，种皮才逐渐硬化，胚乳和胚发育完全，种子千粒重已趋稳定，并且具备了良好的发芽力和发芽势。
由于茄子的种皮为革质，厚而坚硬，有蜡质层，不易吸水透气，并且种子在浸种催芽时表面会产生黏液，从而影响种子萌发。因此茄子种子发芽比辣椒、番茄等种子慢而困难。此外，因种子在采收后有几周时间的轻度休眠，若采收后马上播种，发芽率往往较低。并且，如果在恒温条件下催芽，种子发芽率往往也不高。茄子种子的生命力很强，在通常室温下，只要种子干燥，保持发芽能力的年限为5年，但生产上的使用年限为2年，陈种子的发芽率较低，尤其是发芽势低，播种时常常出苗不齐，容易出现大小苗现象。所以生产上要尽量采用新种子，但也要注意不能使用尚未度过休眠期的种子。