1、灌溉操作
灌溉时应关闭施肥罐（器）上的阀门，把滴灌系统支管的控制阀完全打开，按照微灌方案灌溉。灌溉结束时先切断动力，然后立即关闭控制阀。滴灌湿润深度一般为30厘米。滴灌的原则是少量多次，不要以延长滴灌的时间达到多灌水的目的。
2、施肥操作
（1）肥料准备
按照加肥方案要求，先将肥料溶解于水，也可在施肥前一天将肥料溶于水中。施肥时用纱（网）过滤后将肥液倒入压差式施肥罐，或倒入敞开的容器中用文丘里施肥器吸入。
（2）施肥操作
压差式施肥法：施肥罐与主管上的调压阀并联，施肥罐的进水管要达罐底。施肥前先灌水20-30分钟，施肥时，拧紧罐盖，打开罐的进水阀，罐注满水后再打开罐的出水阀，调节压差以保持施肥速度正常。加肥时间一般控制在40-60分钟，防止施肥不均或不足。
文丘里施肥法：文丘里器与主管上的阀门并联，将事先溶解好的肥液经过滤后，倒入一敞开的容器中，将文丘里器的吸头放入肥液中，吸头应有过滤网，吸头不要放在容器的底部。打开吸管上阀门并调节主管上的阀门，使吸管能够均匀稳定的吸取肥液。
注意事项：每次加肥时须控制好肥液浓度，一般在1方水中加入1公斤肥料，肥料用量不宜过大，防止浪费肥料和系统堵塞；每次施肥结束后再灌溉20-30分钟，以冲洗管道。
3、系统的维护
微灌施肥系统每运行一段时间，就应打开过滤器下部的排污阀放污，施肥罐底部的残渣要经常清理。某些地区水的碳酸盐含量较高，每一灌溉季节过后，应用30%的稀盐酸溶液（40-50升）注入滴灌管，保留20分钟，然后用清水冲洗。