未腐熟的粪肥常会引起烧根、土壤滋生病虫害、并释放出大量毒性气体、导致土壤缺氧、养分流失、肥效缓慢。
1、引起烧根烧苗
不发酵的畜禽粪便施到果园，由于发酵不，会发生“二次发酵”的现象，当发酵条件具备时，在微生物的活动下，生粪发酵，当发酵部位距根较近或作物植株较小时，发酵产生的热量会影响作物生长，引起“烧根、烧苗”，严重时会导致植株死亡。
2、病虫害的威胁
粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播、作物发病，对食用农产品的人的身体健康也会产生影响；未腐熟有机物质在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，导致植物病虫害的发生。如柑橘实蝇就与施用粪肥有一定的关系。
3、产生毒气危害
未腐熟的粪便在分解的过程中产生甲烷、氨等有害气体，使土壤产生酸害，造成果树根系损伤。
4、导致土壤缺氧
未腐熟的粪便在分解的过程中会消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性地处于缺氧状态，在这种缺氧状态下，会使果树生长受抑制。
5、大量养分流失
在传统堆沤粪便的过程中，由于自然分解、风吹雨淋等原因，氮、磷、钾等养分浪费流失十分严重，一般利用率只有50%。
6、肥效明显缓慢
未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成态才能被作物吸收利用。所以，未发酵直接施用会使肥效减慢。