芝麻茎枯病又称芝麻茎点枯病、芝麻黑根疯等，病菌为不完全亚门真菌，主要为害芝麻茎杆、根部及幼苗。苗期发病，病苗地上部萎蔫枯死，根部变褐死亡。高温、高湿、多雨有利于病害发生流行，偏施氮肥、种植过密和连作地为害加重。
防治措施：
1、选用抗病品种，播种前用55℃温水浸种10分钟或60℃温水浸种5分钟，晾干后播种。
2、农业防治。芝麻土传病虫害严重，忌连作，可与棉花、甘薯及禾本科作物实行3-5年轮作，能较好控制病害发生流行。芝麻收割后及时田间病残体，集中烧毁或深埋以减少越冬菌源。及时拔除病株，带出田外销毁。加强肥水管理，增施基肥，基肥以中迟效有机肥为主，并混施磷、钾肥、苗期不施或少施氮肥，培育健苗，使病菌不易侵入。采用高畦栽培，及时清沟排水，防止田间有积水，降低田间湿度。
3、药剂防治。药剂防治要掌握在病害发生前喷药保护，或发病初期用药。防治药剂有37%枯萎立克可湿性粉剂800倍液，40%多菌灵悬浮剂700倍液，50%甲基托布津可湿性粉剂800-1000倍液，80%硫酸铜可湿性粉剂800倍液等。