专家指出施肥前一定要做好充足的准备，施肥前一定要堆沤腐熟有机肥中的养分多为无效态，难以被作物直接吸收利用，必须在腐熟过程中通过微生物分解转化变成有效态；有机肥中含有各种有害的病菌、虫卵和草籽，必需借助腐熟发酵的高温进行杀灭。不少种植大户将有机肥事先腐熟后封堆保存，隔年再用，这是一个成功的经验，应予以推广。
因作物而异掌握好施肥量有机肥与化肥各有所长和不足，两者要配合施用。考虑到合理性和可能性，施肥量要因作物而异。对大田作物提倡施用有机肥，一般亩施有机肥1000~3000公斤；对果树和蔬菜则必须施用有机肥，其中果树和露地蔬菜一般为3000~4000公斤，大棚等保护地蔬菜一般为4000~7000公斤。这里的施肥量主要指普通堆沤肥和厩肥，如为畜禽粪其用量应该适当减少，甚至减半。
正确看待有机肥与有机食品的关系有机肥与化肥的主要区别在于：有机肥养分，养分配比天然合理，释放缓慢，一般不会导致养分供应失衡；而化肥养分比较单一，养分释放快，一般生产者难以完全做到科学控制养分的用量、配比和释放速率，很容易因过量施肥或养分供应失衡而造成产品质量下降和环境污染，所以有机食品规定只许施用有机肥，不许施用化肥是有道理的。但有机肥如果选用不当也会带来食品和环境污染问题，特别是当有机肥含有污染元素或有害物质及过量施用时。因此只施用有机肥的不一定就是食品，更不一定是有机食品。
正确处理商品有机肥和农家肥的关系商品有机肥多为富含有机质的动植物废弃物经发酵后制得，并达到了NY525-2002行业标准，作为商品出售，其品质优于一般农家肥。在施用方法上主要作基肥，每亩施用量为200~500公斤；一般不提倡作追肥，如果作追肥施用量应该适当减少，并配施适量化肥。由于其施用量较少，归还给土壤的有机质相当有限，不可长期连续施用商品有机肥来代替农家肥，至少要每隔3~5年施用一次农家肥。