在闷棚时施加粪肥，如果不腐熟会有哪些影响呢？很多菜农习惯于将新购买的鸡粪、稻壳粪提前用到土壤中，结合夏季高温闷棚促进粪肥腐熟，这种腐熟方法还是比较好的。但菜农施用完全未经腐熟的粪肥，容易因为闷棚时间短，腐熟不，导致蔬菜定植后仍出现烧根等问题，影响蔬菜的正常生长。记者采访过程中就发现过多个这种事例，虽然经过长时间的高温闷棚，可定植蔬菜后仍然出现烧根现象。而施用完全腐熟的粪肥，虽然能迅速补充土壤有机质，但不利于土壤中有益微生物的大量繁殖，改良土壤及抑制病原菌的作用较差。
半腐熟粪肥配合生物菌肥施用时，生物菌肥中的活性微生物可以迅速补充土壤中的有益微生物，增加土壤中有益微生物的数量，更好地抑制土壤中各种土传病菌的繁殖。因此，半腐熟的粪肥施用到土壤中高温闷棚，效果更好。
粪肥在土壤中腐熟的过程，也是一个改良土壤的过程，因为微生物在分解粪肥的过程中，数量迅速增加，不仅能促进土壤团粒结构的形成，其代谢产物还能抑制土传病害，改良土壤效果良好。我们提倡施用半腐熟的粪肥，因为此时粪肥中已经存在大量有益微生物，缩短了粪肥腐熟的时间，避免高温闷棚时微生物尚未大量繁殖，完成粪肥腐熟，就已经被高温杀死，腐熟效果不佳。高温闷棚完成后，土壤微生物大量死亡，再向土壤中施入一定量的生物菌肥，如肥力高、发粪宝等，使有益微生物可以更早占据生存空间，抑制病原菌的侵染繁殖。