据调查，近年来，播种天麻数次，收货较为丰富，但也不泛病虫危害，严重的影响了天麻的产量和质量，天麻病虫害防治技术有其制止方法。
病害，对天麻营养较大的病害分为块茎软腐烂病和杂菌，是危害天麻的罪魁祸首。块茎软腐烂病的病状，发生软腐烂病的块茎，皮部萎黄、中心组织腐烂，掰开茎，内部变成异臭稀浆状，组织内部充满黄白色或棕红色的蜜环菌菌丝，严重时整窖腐烂。软腐烂病发生原因：栽培穴受27℃以上高温或70%以上高湿的影响。天麻软腐烂病防治方法，严格选择菌材和菌床，栽培场地要选择偏酸的沙质土地；严格挑选种麻，选择无病虫危害、健壮，没有受高温高湿危害的箭麻做种；严格田间管理，控制适宜的温度和湿度，避免穴内长期积水或干旱。杂菌是天麻及菌材为严重的，防治方法，选择优良的蜜环菌菌种，加大菌种用量，造成蜜环菌的生长优势，抑制杂菌的生长繁殖，及时。
虫害，天麻的虫害有蛴螬、跳虫、蝼蛄、介壳虫等。采取有效的防治方法，蛴螬动和蝼蛄：100平方米内用90%敌百虫或50%的辛硫磷0.15公斤加少量水稀释，拌细土10-15公斤制成毒土撒施；跳虫：跳虫体形小，色白，一般以较高的湿度为生存条件，20-25℃活跃，一年可繁殖6-7代。主要咬食菌棒皮层内的菌膜，也吃食天麻块茎，使天麻块茎出现坏洞。在发生盛期可用1:800-1000倍的敌敌畏或0.1%鱼藤精喷施或浇灌，或用4片/平方米磷化铝熏杀。介壳虫：主要是粉蚧危害天麻块茎，一般由菌材、新材等树木带入窖内，危害后天麻长势减弱，品质降低。如发生危害，应将此穴天麻及时翻挖，全部加工成商品麻出售，严禁留种，并将此穴菌材焚烧，以防蔓延。