作物施用生物菌肥是以生物菌肥致使作物能够得到特定肥料效应的一种菌肥，是农业生长使用中肥料的一种。
经过试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科类的农作物可以有效的提供固氮的效能，能够使作物增产，合理的应用菌肥进行拌种，可以达到丰产的效果。作物施用生物菌肥，可以使得作物迅速生长，能够作物增产，又能够改善土壤及作物的品质，可以减少一定的环境污染。作物施用生物菌肥，可以增强作物的抗病性和抗虫能力，其生物菌肥能够直接促进作物的生长，的发挥了作物在良性状态中增产的潜力。
作物施用生物菌肥能够很好发挥生物菌的活性，生物菌肥在15-35℃时的生长环境中，能迅速扩散，尤其是在干湿交替的稻田中，可以促进稻禾的旺盛生长；作物施用生物菌肥可以在土壤中的繁殖活性，生物菌肥在旱地的含水量在30%-60%逐渐更容易扩散，同时配合施用有机肥，具有一定的抗旱作用；生物菌肥在作物收获前作为底肥施用效果更好。生物菌肥中含有有益菌能够有效的杀除土壤中的有害菌，适时的施用生物菌肥，可以提高作物苗期的生长。生物菌肥在配合发酵之后应配合施用农家有机粪肥，效果更好，能有效的减少化学肥的用量，又能够达到合理的用肥；生物菌肥能改良土壤中的板结，提高作物的肥料的利用率；生物菌肥增强作物的抗病虫的能力。