有机农业在生产过程中禁止使用化学合成的农药，要求在种植过程中尽可能依靠综合应用各种农作的、生物的（如：释放寄生蜂、使用性诱剂等）和物理的（如：悬挂杀虫灯、设置防虫网、放置黄粘板等）措施来防治病虫草害。尤其应优先采取选用抗病种子、用非化学方法处理种子、培育壮苗、加强栽培管理、中耕除草、秸秆覆盖除草（在采用秸秆覆盖除草时应注意避免常规秸秆中的化学农药残留对有机地块造成污染）、深翻、覆地膜、晒田、轮作、间作、套作、合理施肥、调整播种期、合理调节水分等农作措施。
在以上方法不能有效控制病虫害时，允许使用国标GB/T19630-2005《有机产品》附录B-《OFDC有机认证标准》附录B中所列出的物质。
申请认证的农场应结合当地的实际情况和传统种植经验，制定切实可行的病虫草害控制规程，尽可能使用通过OFDC有机认证的植保产品，并建立相应的记录，保留用于病虫草害防治产品的包装袋/标签，以备审核。记录中应包括为控制病、虫、草害而施用的物质的名称、成分、来源、使用方法和使用量。