近年来各地胡萝卜种植面积迅速扩大，由于生产管理不善等因素，胡萝卜病害逐渐加重，据调查一般田块发病率在10％-30％。常见的病害主要有黑斑病、黑腐病、根结线虫病、软腐病、花叶病。
1、黑斑病
识别要点：主要为害叶片、叶柄和茎秆。叶片多从叶尖或叶缘发病，产生褐色小病斑，有黄色晕圈，扩大后呈不规则形黑褐色、内部淡褐色病斑，后期叶缘上卷，从下部枯黄。潮湿时病斑上密生黑霉，茎、花柄发病，产生长圆形黑褐色稍凹陷病斑，易折断。
防治方法：①播前用种子重量0.3％的50％福美双或70％代森锰锌拌种。②从无病株上采种，做到单收单藏。③实行2年轮作，增施基肥和追肥。④发病初期喷洒75％百菌清600倍液、70％代森锰锌600倍液，隔7―10天1次，连续防治2―3次。
2、黑腐病
识别要点：苗期至采收期或贮藏期均可发生，主要为害肉质根、叶片、叶柄及茎。叶片染病，形成暗褐色斑，严重的致叶片枯死。叶柄上病斑长条状。茎上多为梭形至长条形斑，病斑边缘不明显。湿度大时表面密生黑色霉层。肉质根染病多在根头部形成不规则形或圆形稍凹陷黑斑，严重时病斑扩展，深达内部，使肉质根变黑腐烂。
防治方法：同胡萝卜黑斑病。
3、根结线虫病
识别要点：主要发生在根部。地上部表现症状因发病的程度不同而异，轻病株症状不明显，重病株生长发育不良，叶片中午萎蔫或逐渐枯黄，植株矮小，影响结实，发病严重时，全田植株枯死。地下染病后产生瘤状大小不等的根结，解剖根结，病部组织里有很多细小的乳白色线虫埋于其内。
防治方法：①实行2年以上水旱轮作。②重病田灌水10―15厘米深，保持1―3个月，使线虫缺氧窒息而死。③收获后清洁田园，将病残体带出田外集中烧毁，压低虫源基数，减轻病害的发生。④在蔬菜发病初期，用1.8％虫螨克1000倍液灌根，每株灌0.5公斤，间隔10―15天灌根1次。
4、软腐病
识别要点：主要为害地下部肉质根，田间或贮藏期均可发生，在田间地上部茎叶变黄萎蔫，根部染病初呈湿腐状，后扩大，病斑形状不定，边缘明显或不明显，肉质根组织软化，呈灰褐色，腐烂汁液外溢，具臭味。
防治方法：①重病区实行与葱蒜类蔬菜及水稻轮作。②加强检查，雨后及时排水，发现病株随时，并撒石灰或用石灰水淋灌病穴。③发病初期喷洒14％络氨铜水剂300倍液，或50％琥胶肥酸铜（DT）500倍液。④收获时尽量减少伤口，采收后晒半天，入窖后严格控制窖温在IO℃以下，相对湿度低于80％，可减少发病。
5、花叶病毒病
识别要点：胡萝卜苗期或生长中期发生，植株生长旺盛叶片受害，轻者形成明显斑驳花叶，重者呈严重皱缩花叶，有的叶片扭曲畸变。
防治方法：①清洁田园，及时清理病残株，深埋或烧毁。②及早防治蚜虫，减少传毒机会，用2.5％功夫3000―4000倍液或10％吡虫啉15克/亩。③用1.5％植病灵1000倍液喷雾，或1：（20-40）的鲜豆浆低容量喷雾，隔7天喷1次，连喷3―4次。