枯萎病是为害秋植冬瓜严重的病害，在开始开花结瓜时发病，使植株瓜蔓枯萎死亡，此病属性病害，发生严重，为害猖獗，蔓延迅速，成片发生，整株枯死，损失惨重，必须注意防治，以保护茎蔓，促进开花结瓜。现将其具体防治措施介绍如下：
①合理轮作。与非瓜类作物轮作，是防治枯萎病的重要措施之一，轮作年限在3年以上，是水旱轮作，苗床地2-3年轮换1次。
②选用抗（耐）病品种，培育无病壮苗。播种前种子用52-55oC温水浸种15分钟，或50%剂多菌灵可湿性粉剂500倍液或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液浸种1小时，洗净后催芽播种，或用种子重量0.3%的50%福美双可湿性粉剂拌种后直接播种。
③嫁接防治。可用抗性强的黑籽南瓜作砧木进行嫁接，增强植株的抗病能力。
④无病土营养杯育苗，高畦栽培，定植时尽量减少伤根。
⑤加强栽培管理，搞好田间卫生，抓好肥水管理。施足基肥，增施磷钾肥，腐熟有机肥，促进根系发育，提高抗病力，采取小水勤灌（淋），切忌大水漫灌，地温较低时减少淋水。发现病株，及时拔除，集中销毁，根周围的土壤用石灰。