生物农药由于它的主要成份与我们常用的化学农药不同，所以我们使用时，也要注意一点，这样才能使它的药效发挥到最好。
生物农药作用缓慢，宜在害虫低龄幼虫期使用。许多生物农药杀虫效果缓慢，比不上化学农药，喷后立杆见影。因此，用药时间应比化学农药提前2-5天。如BT乳剂、白僵菌等，一般喷药后，害虫3-5天才逐渐死亡。
要注意喷药的气候条件。生物农药有些菌类，只有适宜的气候条件，这类农药才会充分发挥作用。一般生物农药适宜的温度为20-30℃，湿度越大越好，同时要避免过强的光照条件，杀死有益菌。
使用时要随配随用，配好的农药一次用完，如白僵菌，配好的农药要在2小时内喷完，以免孢子过早萌发，失去效力。
生物农药可以和多种杀虫剂混用，或加入少量洗衣粉，能增加其粘着能力，提高药效。