蒜苗施肥分为栽培期的基肥及后期生长的追肥，基肥可结合整地施用，追肥则最少需追两次肥，其他时间可根据蒜苗生长情况酌情增减施肥量。
蒜苗栽培生育期，需肥较少，但植株种植密度大，单位面积上的吸肥量较多。同时蒜苗栽培多用较小的蒜瓣作种蒜，母瓣提供的营养少，故土壤需肥增多。加之食用部分是假茎（即叶鞘部分，又叫蒜白）和幼嫩的叶片，要求蒜苗柔嫩多汁，味道鲜美，因此蒜苗栽培施肥不可忽视。
蒜苗栽培施肥施肥一是要施足基肥，二是不须蹲苗，要一促到底。基肥可结合整地，667平方米施腐熟圈肥4000-5000千克，或人畜粪2500-3000千克，或施农家肥5000千克，加碳酸氢铵15-20千克，过磷酸钙50千克作基肥施入。
蒜苗追肥一般追施2-3次，以速效肥为宜，并以氮素化肥为主。第一次追肥，一般在苗出齐后进行，667平方米施腐熟人粪尿1000-1500千克，或尿素10-15千克；第二次追肥可在收获前15天左右进行，施用量可与第一次相同。如收获较晚时，可在两次追肥之间加追一次肥，追肥数量一般667平方米施尿素15-20千克。春后收获的，要结合浇返青水，追施返青肥，以加速返青，提高蒜苗的品质和产量。温室栽培蒜苗，要配制肥沃的培养土。追肥主要是通过叶面进行根外追肥。在苗高5厘米后，每平方米浇施20克尿素水，以后每隔7天喷施一次300倍的磷酸二铵水溶液，每次叶面施肥后，都要用清水冲洗叶面，以免发生肥害。