盆栽柠檬如管理不当，往往只开花、不结果或少结果，甚至不开花。要让盆栽柠檬年年开花、结果，必须在水、肥、修剪等环节进行科学的管理，才能达到果实累累的目的。管理的几个主要环节如下：
合理修剪盆栽柠檬修剪的原因有二，一是盆小、土少，提供的养分有限，不能满足柠檬生长的需求，必须进行修剪；二是，通过整形修剪，调节树体内营养的合理分配，使有限的养分集中供给芽、叶，形成更多的结果枝，从而达到花果满枝。盆栽柠檬在春梢萌发前，必须进行强度修剪，首先去除枯枝、病害枝、徒长枝、内向枝、交叉枝、萌生枝等。对强枝弱剪，留4、5个饱满芽；弱枝强剪，留2、3个芽，促使每个枝条多发健壮的春梢。春梢长齐后，为控制其徒长，可进行轻剪，剪去枝梢3、4节。以后长出的新梢有6～8节时就摘心，目的是诱发较多的夏梢。
花前“扣水”为防止夏梢生长过旺，同时树体要积累养分、促进花蕾的形成，在处暑前对盆栽柠檬进行“扣水”。具体做法是，在处暑前十余天对盆栽柠檬的供水逐渐减少；前5天停止供水，盆土经日晒，水分大量蒸发，盆土干燥；根系因水分缺乏，产生枝叶失水，叶片干瘪、卷曲。为防止叶片脱水，可早、晚向叶面喷水，同时也可向盆土喷少量水，使柠檬处于既干旱又不致于枯死的条件下，其腋芽反而日益膨大，芽色由绿转白，当大部分腋芽由绿转白时，“扣水”促花就成功了。此时要及时恢复给盆栽柠檬供水。
保花保果柠檬开花后，除每周施一次薄肥外，还须进行疏花、疏果。在花未开时先疏去一部分花蕾；花谢、坐果后，再疏去一些位置不当的幼果，目的是减少消耗养分，让有限的养分集中供给保留下来的花、果，使果实长得更大更好。在果实成长期间，如果肥水充分，植株营养状况好，部分枝条会萌发新梢，新梢的成长必然会分流部分营养，影响果实的长大。为保住果实，对长出的新梢要及时抹除。果实黄熟时，停止施肥，并减少浇水，让土壤保持湿润略微偏干。倘若继续给予过多的肥水，则果实会提前老熟和早落，缩短观赏时间。