无公害农产品生产过程中，必须按照优化配方施肥技术，以有机肥为主，以保持或增加肥力及土壤物活性为目的。所有肥料，尤其是富含氮的肥料，不应对环境和作物（营养、食味、品质和植物抗性）产生不良后果。允许使用的肥料种类：
1、有机肥：堆肥、沤肥、厩肥、沼气肥、绿肥、作物秸秆、饼肥。
2、无机肥：矿物氮肥、矿物钾肥和矿物磷肥（磷矿粉）、石灰石；按土肥、农技部门指导的优化配方施肥技术方案配制的氮肥（包括碳铵、硫铵）、磷肥（包括磷酸二铵、磷酸一铵、过磷酸钙、钙镁磷肥）、钾肥和其它符合要求的无机复合肥。
微量元素肥料：以铜、锌、铁、锰、硼、钼等微量元素及有益元素为主配制的肥料。