肥料的施加对于农作物的生长有着很重要的作用，而使用施肥是与普通肥料有着不同的施加方法的，施肥的时候都是有针对性的，不同的种类的施肥性质不同，但是目的都是一样的，为了的高产而努力，同时施肥也要有一定的原则性，其原则如下。
1.以农家肥为主，农、化肥配合，其意义：一是在施用农家肥的基础上使用化肥，能够取两者之长补两者之短，缓急相济，不断提高土壤供肥的能力。二是能提高化肥利用率，克服单纯施用化肥的副作用。
2.以基肥为主，配合施用迫肥和种肥：施用基肥，能长期为药用植物提供主要养分，改善土壤结构，提高土壤肥力。因此，基肥用量要大，一般应占总施肥量的一半以上；要以长效的有机肥料为主，配合施用化肥。在施足基肥的基础上，为了满足植物幼苗期或某一时期对养分的大量需要，还应施用种肥和追肥。种肥要用腐熟的优质农家肥和中性、微酸性或微碱性的化肥。追肥也多用肥料。
3.以氮肥为主，磷、钾肥配合施用：在植物体内，氮的总量约为干物质的0.3％～0.5％，磷的总量次之，钾则更少。植物对氮的吸收量一般较多，而土壤中，氮素含量不足。因此，在植物整个生育期中都要注意施用氮肥，尤其是在植物生育前期增加氮肥更为重要。豆科比禾本科植物需氮多，但由于有根瘤菌可以帮助固定空气的氮素。所以，豆科植物一般可以少施或不施氮肥。在注意施用氮肥的同时，应视药用植物种类和生育期，配合施入磷、钾肥。如为了促进根系发育以及禾本科植物分蘖，用少量磷肥拌种，为了使种子积累多量，提高种子产量，对留种田开花前应追施磷肥。在密植田配合施用钾肥，能促使茎秆粗壮，防止倒伏。
4.根据土壤肥力特点施肥：在肥力高，有机质含量多，熟化程度好的土壤，如高产田、村庄附近的肥沃地上，增施氮肥作用较大，磷肥效果小，钾肥往往显不出效果。在肥力低，有机肥料用量少，熟化程度差的土壤，如一般低产田、红、黄壤、低洼盐碱地，施用磷肥效果显着，在施磷肥的基础上，施用氮肥，才能发挥氮肥效果。在中等肥力的土壤上，应氮、磷肥配合施用。，在保肥力强而供肥迟的黏质土壤上，应多施有机肥料，结合加沙子，施炉灰渣类，以疏松土壤，创造透水通气条件，并将性肥料作种肥和早期追肥，以利提苗发棵。在保肥力弱的砂质地上，也应多施有机肥料，并配合施用塘泥或黏土，增强其保水保肥能力。追肥应少量多次施用，避免一次施用过多而淋失。