近年来，上海、北京、江苏、浙江等省市相继出台了农民施用有机肥补贴政策，鼓励和引导农民增施有机肥，有力地促进了化肥减量增效，提升了农产品品质，推进了种养循环。
补贴对象由生产者、使用者到使用者为主
上海市自2004年起率先开展有机肥财政补贴，到2009年5年间对使用者、生产者均进行过补贴，主要通过公开招投标方式，累计推广有机肥料49.5万吨，应用面积330万亩。2009-2011年有机肥补贴对象发生变化，全部拨付给肥料生产企业。2012年至今，补贴对象再次调整，以市内种植粮食、蔬菜等农作物的农业生产组织为主。
北京市政府自2007年开始进行有机肥补贴，补贴对象一直是种植大户，以有规模、有组织的园区和生产基地为主，也包括分散的农户。
江苏省自2006年起试点有机肥补贴示范，将有机肥生产企业作为主要财政补贴对象，2012年至今，省级财政资金直接补贴给农民。
浙江省支持对象为推广使用商品有机肥的农民专业合作社、家庭农场、种植大户和农业企业等规模经营主体。同时，近年山东、河北、福建、广州等地均是对购买使用有机肥的种植者给予政策补贴，鼓励增施有机肥，减少化肥用量。
补贴标准由全额主导到差额引导
上海2004年补贴方式为统一采购，由上海市财政和地方财政出资，基本为全额。2009年前有机肥市场价约为400元/吨，市财政出250元/吨，区县出50-100元每吨，乡镇再出一些。2017年开始，对商品有机肥给予每吨200元补贴，加上区县补助，补贴标准仍为400元/吨。
北京市政府自2007年开始，财政每年投入2000万元补贴资金，每吨有机肥补贴250元。2019年北京市投入资金1亿元，每年每亩地有机肥用量限额1吨，市级金额不超过480元/吨。
江苏省自2006年起试点有机肥补贴示范，补贴标准200元/吨，其中省财政出150元/吨，市县财政补贴50元/吨，农民购买时，只支付零售价扣除财政补贴部分。2009年，江苏省财政安排4400万元用于商品有机肥补贴，2016年至今补贴标准为400元/吨。
近年来，多地对有机肥补贴标准进行了调整，如山东省财政补贴100-300元/吨，示范县市补贴300元/吨。广东省广州市补贴标准为300元/吨，补贴不超过1吨/亩·年。河北省原则上按购买有机肥发票金额的50%进行补贴。浙江省对使用有机肥分一类地区200元/吨、二类地区150元/吨的标准进行测算，各县自行确定补助标准，但明确省补资金补贴额度不得超过产品单价的三分之一。
补贴方式由统采配送到农户自主采购为主
各地在有机肥补贴方式上，大多经历了统一采购到自主采购的方式。以前，有些省市采取政府公开招标方式采购有机肥，由市、县级政府出资购买运输车，将有机肥直接送到农户手中；有些地方根据财政补贴额度和标准，农民购买时有机肥时，只支付零售价扣除财政补贴部分，如江苏农户在购买有机肥时每吨支付金额不超过370元，补贴资金直接支付给生产企业。
目前，各地有机肥补贴程序多由县（市、区）农业农村部门会同当地财政部门制定，县农业农村部门通过公开遴选确定供肥企业，建立供肥企业目录；补贴对象暨种植户自愿向所在地乡镇农技部门申报，肥料用户与供肥企业间双向选择的方式，全额支付有机肥货款；逐级验收、审核后报县农业农村部门和财政部门，补贴资金通过“一卡通”等方式直接拨付给补贴对象。