棉蚜、棉铃虫、棉叶螨和棉花枯萎病、黄萎病俗称棉花的“三虫两病”，以难防治、难根除的特点严重制约着棉花的高产。利用农田生态调控技术对其进行综合防治，可提高防治效果，减少用药量次，保护有益生物和环境，降低防治成本，提高棉花产量，增加经济效益。
在自然生态系统中，生物与环境之间相互适应，生物与生物之间相互作用，从而使某一物种在生物群落中维持一定的种群密度，这种密度称为种群的平衡密度，这种现象称为自然控制。据估计，自然界中97%的生物均处于相对平衡状态中。而种群维持在平衡密度的过程称为自然调节过程，它是生物密度制约因子（如种间竞争、天敌的捕食寄生作用和植物的抗性等）的结果。
在棉田生态系统中，棉蚜、棉铃虫、棉叶螨和棉花枯黄萎病严重制约着棉花的高产，属于棉田生态系统中的有害生物，它们的种群密度受生物密度制约因子和非生物密度制约因子的制约，利用这种制约来防治棉花病虫危害即用棉田生态调控技术防治棉花病虫害主要有以下几个方面。
1、以农业生态防治为基础
1.1种植玉米诱集带
棉田四周套种玉米，可引诱棉铃虫成虫在玉米上产卵，减少棉田落卵量。作为诱集用的春玉米应选择高产早熟品种，力求做到玉米抽雄与2代棉铃虫产卵盛期“二者吻合”，可利用棉铃虫成虫在玉米心叶中潜伏的特性进行人工捕捉。调查发现，点播春玉米的棉田有天敌13～41头/百株，未点播春玉米的田有天敌0～8头/百株；6月22日调查，点播春玉米的田块，有蚜虫53～104头/百株，受棉蚜危害株率2%～3%，未点播春玉米的田块有蚜虫334～649头/百株，受棉虫危害株率为4%～11%。
1.2杨树枝把诱蛾与喷磷驱蛾
利用棉铃虫成虫对半枯萎的杨树枝把有驱性的特征用杨树枝把诱杀成蛾。这是由于杨枝中含有杨素，它经过水解后所产生的单糖及邻位苯醇对蛾子有吸引作用。
喷磷驱蛾以减轻产卵，在棉铃虫产卵盛期，喷磷酸二氢钾，使其与棉叶分泌出的草酸化合物沉淀为不溶性草酸钙，失去诱蛾产卵的作用，从而获得驱除棉铃虫蛾、减少产卵的效果。
1.3深翻与轮作倒茬
在秋季棉花采收后，将棉田地膜拣拾干净，用大马力机车带一铧犁深翻耕地，深翻深度保持60cm左右。深翻后立刻打埂灌水，翌年浅翻28～30cm，重施底肥，正常播种。
土壤深翻作业，使土壤的病原菌与秸秆中的病残体埋入55cm的深土中，因原有的生存环境被破坏，其很难存活，有效减轻了棉花枯黄萎病的发病率。深翻使寄生在秸秆上的害虫、卵和土壤中的虫蛹被翻入深土中，减轻了翌年棉田的虫害。
根结或根腐线虫病严重发生区可将棉花与禾本科作物如水稻等作物轮作；同时清理寄主杂草，越冬代棉铃虫、棉蚜、棉红蜘蛛集中在田边杂草上产卵或越冬，铲除田边杂草可控制越冬代成虫和1代幼虫。
秋翻冬灌，破坏棉铃虫、棉蚜、棉红蜘蛛越冬场所，消灭土壤中越冬虫及病原菌，可提高越冬蛹或幼虫死亡率，减少棉田虫害1代的发生量。控制棉田后期灌水，控制氮肥用量，适时喷缩节胺防止棉花徒长，可降低棉铃虫、棉蚜危害。
2、以棉花健株栽培为重点
2.1推广抗病虫品种
目前南疆地区推广的棉花品种，如新陆中28、606等不仅高抗棉花枯黄萎病，且对棉铃虫也有较强的抗性。调查表明，种植这些棉花品种的田块枯萎病、黄萎病发病率较低，田间棉铃虫的危害率也较低。
2.2增施有机肥料
增施有机肥，不仅能为棉花生长发育提供充足的营养元素，而且其中有益微生物与之构成食物链，可大量杀死土壤中的细菌和病原线虫等，减轻枯黄萎病的发生。
2.3培育合理株型
合理株型可以恶化病虫害产生的条件。实践证明，合理的棉花株型和群体结构是抵御病虫危害的关键，以棉蚜为例，控制棉花氮肥投入，防止棉花旺长，可以预防棉蚜的发生；防止棉花受旱可减轻棉叶螨的危害。
对于棉花枯萎病、黄萎病来说，培育壮苗和合理的水肥投入也可在一定程度上预防其发生。
3保护天敌，慎用化学农药
注重保护天敌，以控制棉花害虫。赤眼蜂、瓢虫、草蛉和胡蜂等天敌，对棉田害虫虫卵及初龄幼虫控制作用显着。开发天敌的增殖技术和方法，是控制棉田害虫暴发成灾的有效途径。合理作物布局，种植诱集带，减少用药，改进施药的方法；保护棉田丰富的天敌资源，以有效地控制棉铃虫的发生为害。
在棉花的“三虫”防治方面，使用化学农药时要特别注意对天敌的保护，使棉田生物生态保持平衡。采用生态调控技术防治棉花主要病虫害，相对于化学防治而言，往往可以起到事半功倍的效果。