冬小麦化肥使用有三种方法：基肥、种肥、追肥。
小麦的基肥选择以农家肥为主，在其基础上配合其它种类的化肥施用，有利于小麦分蘖以及促进籽粒的发育。小麦的基肥的选择和使用要以不同地区的不同土质情况来定，不同的地区其使用量不同。我国北方和南方在使用基肥的时候，以农家肥为主效果，除此之外还要配施定量的氮、磷或者是氮、磷、钾肥料。
小麦的种肥，主要是在小麦播种的时间将少量的化肥作种肥，可以在小麦出苗是为幼苗提供充足及时的养分，这样可以促进小麦在越冬前的分蘖和次生根的生长。小麦种肥主要应用在基肥使用不足或者营养物质匮乏的土壤以及晚播麦田中，播种时使用种肥可以有效的调高小麦产量。种肥的使用量一般为每公顷30-45千克尿素或者是每公顷75千克左右的硫酸铵再或者是每公顷使用过磷酸钙75-150千克。在使用种肥的时候要注意不要把种子和化肥一起使用。还需要注意的就是碳酸氢铵不宜当作种肥使用。
小麦的追肥的使用要针对小麦不同的生长发育阶段对营养成分需求的不同，分阶段进行追肥。
在小麦苗期是追肥一般在小麦分蘖初期进行，一般以每公顷使用碳酸氢铵75-150公斤或者是尿素45-75公斤或少许的人粪尿等。可以是使苗匀苗壮增加冬前分蘖，特别是对于基本苗不足或晚播麦。