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上海市农产品质量中心前身为上海市农产品质量认证中心，成立于2000年11月，是负责上海市农产品质量与认证的专门机构。上海市绿色食品发展中心和中绿华夏有机食品认证中心上海分中心也挂靠于此，故本中心为三块牌子一套班子合署办公。此外，作为无公害农产品认证省级承办机构，上海市无公害农产品产地认定办公室也挂靠在本中心。
