新疆农垦科学院是兵团直属的综合性科研单位，也是兵团学术机构，其前身是1959年成立的兵团农科所，1969年在文化大革命中被解散，1979年经自治区批准恢复并改名为“新疆农垦科学研究院”，1983年4月由农业部正式命名为“新疆农垦科学院”。院以解决兵团农业产业发展过程中共性、关键性的技术为工作重点，是实施有兵团特色区域创新体系建设的重要组成部分。院下设作物研究所、棉花研究所、机械装备研究所、畜牧兽医研究所、水利土壤研究所、林园研究所、农产品加工研究所、科技信息研究所和分子农业技术育种中心、农业部食品质量监督检验测试中心（石河子）、农业新技术推广服务中心及省部共建国家重点实验室培育基地（新疆兵团绵羊繁育生物技术重点实验室）、《新疆农垦科技》编辑部、新疆农垦科技咨询中心、试验场和附属中小学等单位。有国家博士后工作站1个、国家节水试验基地1个、国家棉花工程中心良种繁育基地1个，国家挂牌重点领域有：绵羊育种、节水灌溉、农产品监测、优质棉基地、农业信息化5个领域，兵团级学会1个（兵团棉花学会）。
院事业编制329人，现在编人员304人，其中，工程院院士1人，正高职称28人，副高职称84人，中级职称143人。各类专家47人，其中享受政府特贴专家36人，人事部、农业部等省部级有突出贡献的中青年专家17人，新世纪百千万人才工程人选1人，兵团学术技术带头人10人。
建院以来（至2008年底），共取得科技成果452项，获兵团级以上奖励279项。其中获国家科技进步一等奖4项，二等奖3项，三等奖6项，省部级一等奖34项。“十五”以来获国家科技进步奖项目3项，获兵团科技进步一等奖项目5项。
近20年来（至2008年底），育成麦类、杂交油葵、杂交水稻、玉米、大豆和美利奴（新疆军垦型）细毛羊、肉用细毛羊等农牧新品种62个；研制成棉花铺膜播种机、通用精量播种机、中耕施肥机、联合整地机等农牧新机具26种。累计推广先进、实用农牧业新技术、新品种、农业机械等一批先进实用的科技成果100余项，创社会经济效益近80亿元；院科技扶贫、科技特派、科技服务团还对自治区、兵团20余个贫困团场（县）开展的科技扶贫攻坚工程，已使其中5个农牧团场脱贫。对兵团农牧团场增产增效及职工增收起到了积极的推动作用，促进了科技开发与经济发展的有机结合，振兴了团场（地方）经济。
“十一五”以来，共完成科技成果登记（鉴定、验收）61项，申请专利37项，已授权13项，通过自治区品种审定委员会审定农作物新品种21个；在国家、省级刊物上发表各类论文345篇。
“十一五”以来，全院共组织申报各级各类科技项目473项，获批170项，争取各级科研经费6000余万元。现有在研科研项目149项，其家级项目39项，兵团级项目81项，院本级项目29项。
“十一五”以来，科研条件新增投资1150万元，新增建设面积6000余平米，科研基础平台建设投入700余万元。目前拥有5万元以上的科研仪器设备，64台（套），价值1408.88万元。并拥有100万元以上的“液相色谱-质谱联用仪ANGLIENT6460”、“多重基因表达分析系统GENOMELAB GeXP”等高新的实验仪器设备。我院与科学院、农科院、农业大学、南京农业大学、东北农业大学、西北农林科技大学、新疆农科院、新疆农业大学、石河子大学、塔里木大学等多个科研院、所及高校建立了科技协作和学术交流关系。通过国家外专局引进国外智力等渠道，聘请了美国、德国、澳大利亚、加拿大、日本等国专家来院从事科研和学术交流。建有和兵团级引进国外专家和技术示范基地，为引进智力、扩大交流起到了积极的促进作用。院先后荣获自治区级文明单位、自治区绿化模范单位、石河子市花园式单位等荣誉称号。
