玉溪农业职业技术学院的前身是重点中专玉溪农业学校，学校成立于1956年，1991年经省教委评估认定为“合格中专学校”；1993年被省政府认定为“省部级重点中专学校”，同年省政府批准建立“云南省玉溪烟草栽培学校”；1996年被省科委、团省委定为“云南省青年星火技术培训示范基地”，并获云南省农业中专教学规范化管理一等奖；1997年省教委命名为“省级文明学校”；1998年被省委、省政府命名为“省级文明单位”；1999年被省委、省政府命名为“文明单位工作先进单位”；2000年首批步入重点中专行列。于2002年3月22日经省政府批准，国家教育部备案，成立以举办高等职业技术教育为主、面向招生的普通全日制公办高等职业学校（即玉溪农业职业技术学院）。
