鄂尔多斯市农牧业科学研究院于2012年3月由原鄂尔多斯市农业科学研究所和畜牧兽医科学研究所整合组建而成，同年7月增设为内蒙古农牧业科学院分院。下设院办公室、玉米研究所、作物研究所、畜牧兽医研究所、草原生态研究所、蔬菜研究所、土肥植保研究所、科研综合试验站等工作机构。现有在职职工41人，其中技术人员24人。技术人员中有硕士3人，正高级2人，副高级13人。主要研究领域为农作物良种选育、家畜禽标准化养殖、草原生态。优势学科是玉米、杂粮、细毛羊、绒山羊、草原。
多年来，全院先后育成农作物良种28个，研究引进与推广成果70项。在玉米、优良牧草筛选、绒山羊、细毛羊、奶食品及其他畜禽品种资源调查和生产性能等研究领域共获科技成果奖49项，其家级2项，省部级奖26项。
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