上海市农业科学院是市属的综合性农业科研机构，成立于1960年。下设作物林果研究所、设施园艺研究所、食用菌研究所、生态环境保护研究所、畜牧兽医研究所、生物技术研究所、农产品质量标准与检测技术研究所、农业科技信息研究所、数字农业工程与技术研究所、农业生物基因中心等10个研究机构， 拥有10个和部级科技创新平台和成果转化平台，4个市级科技平台。
全院现有在职职工1000余名，其中专业技术人员515人，高级专业技术职务科技人员190名，硕、博士305名，享受特殊津贴专家69名。形成了种质创新和遗传改良、设施园艺技术、生态农业技术、农业生物与标准化、农产品保鲜加工、高新技术农业应用、都市农业理论等优势学科（领域）。与30多个国家或地区开展科技交流和合作研究。编辑出版《上海农业学报》和《食用菌》等7种学术类、技术类刊物，重点培育生物疫苗、食（药）用菌、种子种苗三大科技产业，科技服务立足上海、辐射长三角，服务全国。
“十五”以来，上海市农业科学院紧紧围绕上海建设高效生态现代农业的目标，坚持自主创新，加强学科、平台、基地和队伍建设，不断提升科技创新能力、成果转化应用能力和自我发展能力。全院共承担国家、部（市）级以上科研攻关项目443项，获得部（市）级以上科技成果奖62项，其中，国家科技进步二等奖1项，市科技进步一等奖7项，235个农作物新品种通过审（认）定。
展望未来，上海市农业科学院将牢牢把握加快推进农业科技自主创新与成果转化应用这两大基本任务，围绕着上海经济的健康发展与社会的和谐进步，以科技支撑并上海未来农业的发展。