浙农集团不断加强化肥货源基地建设，与中化、中农、国投罗钾、镇化、宁化、江苏灵谷、中海化学、浙江巨化、白俄罗斯钾肥公司、以色列化工集团、美国运安等主要化肥生产和贸易企业建立了长期合作关系。
国产尿素：镇化，衢化，海南富岛，江苏灵谷，山西晋丰，山东鲁南，山东联盟，华鲁恒升，安徽临泉，江苏华昌，宁夏宁化，内蒙古蒙化，甘肃兰化，乌石化，湖北宜化，陕西陕化，陕西渭化，江西九化，山西焦化，辽宁辽化，山东鲁西，安徽淮化，安徽临泉，山西晋城，济宁恒力等。
国产复合肥：巨化，钱江潮，撒可富，云河系列，云顶，红三角，艳阳天，施大壮，太仓，环太，金之，中东，金富瑞一铵、二铵，宏福二铵，陕化二铵，山西文通硝酸铵钙，德阳元丰、天下乐，及公司生产的“惠多利”牌专用肥（水稻、油菜及竹笋专用肥）和通用肥等。
国产钾肥：滨地硫酸钾镁肥，中信国安硫酸钾镁，国投罗布泊硫酸钾，青海盐湖、藏格钾肥，山西文通硝酸钾。
进口化肥：俄罗斯、约旦、以色列、加拿大钾肥；俄罗斯颗粒钾肥；俄罗斯、台湾硫酸钾、德国红牛硫酸钾镁、德国红牛氯化钾硫镁；俄罗斯、挪威、荷兰、韩国、罗马尼亚、芬兰复合肥；以色列磷酸二氢钾、水溶性肥料等。
集团公司拥有日趋完善的化肥经营网络和配套的经营设施，目前已在浙江省内建立了9个连锁分部、35家区域配送中心和1500多家基层惠多利农资连锁店；在上海、江苏、安徽、河南、山东、陕西、湖南、辽宁、江西等十余个省市设有50余家区域性的惠多利连锁经营服务网络；在上海、宁波、连云港、青岛、湛江、赤湾、满洲里、绥芬河等口岸设立了办事处或经营机构；建有22万平方米的仓储经营设施。
集团公司与浙江省农科院合作，积极开展测土配方施肥项目，在浙江龙游建立浙江惠多利肥料科技有限公司，生产专用肥系列、通用肥系列、测土订单配方肥系列、无机+土壤改良剂系列、有机+无机特种肥料系列、控释肥系列等三十多种产品，年产能30万吨。在山东、安徽等地建有配方肥生产基地，正逐步形成测、配、产、供、施一体化测土配方施肥系统。