近年来，在农村使用化学农药对棉花产生药害的现象多有发生，有的发生在苗床，有的发生在大田，严重影响棉花生长，受害农户后悔不及，苦不堪言，应该引起重视。
乙草胺的药害在棉花育苗期，棉种在播后苗前采用乙草胺除草，极易发生药害，尤其在遇到连续阴雨天气，棚内高温高湿时，有利于乙草胺分解，使棉苗芽鞘下部吸收的浓度高，药害发生较重，甚至可能使苗床内的棉苗全部死亡。其症状是整个幼茎表皮呈现黄褐色，部分子叶柄也出现黄褐色，药害较轻时，内部维管束为绿色，药害缓解后逐渐恢复生长，药害较重时，侵害维管束，导致棉苗枯萎。因此，棉花营养钵育苗时最好不使用乙草胺。若已使用了乙草胺，也应在棉苗出土后，及时晒床降温，将床土晒白。药害出现后，在晒床基础上，适当保温，促进真叶生长，提高棉苗抗逆性。在棉苗移栽后的生长期，有的地方在使用乙草胺和盖草能除草后，棉叶出现枯焦现象，这是因为乙草胺能抑制植物细胞分裂；如果受害较轻，在10天内不死，通过加强肥水管理，促进植株生长，则对棉花产量影响不大，因此，千万不要将乙草胺喷到棉叶上，只能用于作棉田的土壤封闭处理。
2.4-滴丁酯在芦苇场及其他农田使用该除草剂时，常因飘移而出现大面积棉花受害现象。受害棉花主要症状为上部幼嫩叶片成鸡爪形，叶片及苞叶皱缩，叶色变绿，苞叶张开，棉蕾变黄脱落，严重的有7~8片叶出现上述症状，一般的有3~4片叶，较轻的也有1~2片叶，2.4-滴丁酯具有较强的内吸传导性，对棉花等双子叶植物幼嫩叶片和腋芽，一旦造成药害，则不可逆转。一般在顺风方向2500米以内，棉花均可不同程度遭受药害。另外注意分装和喷施2.4-滴丁酯的器械要专用，不能接触或误喷在棉株叶片上。
二甲四氯误喷或喷过二甲四氯药液的喷雾器，不彻底清洗给棉田喷药，就容易发生药害。其症状是棉叶变成白色，不能进行光合作用，若不及时采取有效措施，整个受害棉田有全部报废的危险。产生这种情况，受害棉花可用喷施腐植酸钠溶液的办法解毒。将粒状50%腐植酸钠先对少量水溶散，再加水配成3000倍溶液叶面喷施。
此外，如敌草隆在棉花二片真叶后使用，则会使其药害率达90%以上；扑草净会使棉花嫩叶片表现褪色、失绿和枯萎；在生产上常因用过2.4-D的喷雾器未洗净又用于棉田喷药，则会立即表现药害，叶片出现变小、变窄、脉梗扭曲、皱缩、畸形，常呈鸡爪状叶等。