条件允许的情况下，要单仓保管，要求仓内干燥、通风、凉爽、避光，并且要有相应的防火设备。仓内各品化肥要单存单放，把同类性质的化肥放在一起，不同品种化肥中间要留足一定距离，以免互相接触发生化学变化。
例如碳酸氢铵、氯化锌等酸性化肥不要与石灰、草木灰等碱性肥料堆放在一起，以免发生化学反应降低肥效。
对挥发性强的化肥如碳酸氢铵，要严密包装封存。
对吸湿性强并易燃的化肥如硝酸铵，要放置于凉爽、干燥处，底下垫圆木或木板，不要和柴油、酒精、纸类等易燃物放在一起。同时要注意防火。化肥一但吸湿结块，不要猛烈敲击，以免发生爆炸；搬放时要防止猛烈震动。
过磷酸钙腐蚀性大，不要长时间放在麻袋里，不要和碱性肥料放在一起。