育苗芹菜耐药性强，可适用的除草剂较多。经试验，可选用氟乐灵、二甲戊灵（施田补）、恶草酮（恶草灵）、精氟吡甲禾灵（盖草能）等药剂。值得一提的是，在其它蔬菜上使用较为的敌草胺（外国商品名称大惠利）可湿性粉剂或敌草胺乳油，对芹菜却有较明显的抑制作用，因此，在芹菜育苗地不能随意使用。其除草技术有：
，用48％氟乐灵乳油每亩100-150毫升，加水40-50千克，在芹菜播种前或播后苗前均匀地喷雾在土壤表面，然后浅混土，对芹菜出苗，除草效果好。注意事项：如芹菜育苗采用覆盖草帘或遮阳网，应在使用盖帘或遮阳网前用药。
第二，用33％施田补乳油每亩100-150毫升，加水40-50千克，在芹菜播后苗前均匀地喷雾在土壤表面。注意事项：砂质土壤应选用低剂量，并在盖帘或遮网前用药。
第三，用50％扑草净可湿性粉剂每亩100-150克，加水40-50千克，在芹菜播后苗前均匀地喷雾在土壤表面。注意事项：砂性土壤用下限，药后不可积水。
需要特别注意的是，芹菜生长前期和中期生长过程缓慢，经历时间长，田间易滋生杂草，这个时候在除草的过程中，再配合施肥，效果会更好，定植后至封垄前，中耕3到4次，中耕结合培土，有利于芹菜生长。定植一到两天之后，浇1次水，待芹菜长出7到8片叶，进入旺盛生长期后，应3到5天灌水一次，始终保持土壤湿润，在促进芹菜旺盛生长的同时降低地温，有利于芹菜生长。追肥应掌握少量多次的原则。一般每10-15天一次，每亩每次施尿素或复合肥10-15㎏，硫酸钾10㎏。