微生物菌剂之所以能改善土壤状况，是因为它由多种有益菌组成，使土壤有益菌迅速繁殖，增加有益菌群数量，解决土壤板结、重茬问题，改善土壤环境。具有“保水、增肥、透气”性能，疏松土壤、提高透气性、降低容重，提高几丁质酶含量，活化土层，增强肥水渗透力。
微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节，它能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性。当前土壤中出现的板结、酸化、盐渍化、土壤贫瘠、地力衰竭等问题出现的原因肥料在土壤中长期积累、残存、得不到有效分解和营养转化，而养分的释放和转化正是靠微生物。
微生物通过代谢过程中氧气和二氧化碳的交换以及分泌的有机酸等酸性物质，促进土壤中微量元素的释放及螯合，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成。对应于当前土壤中出现的通透性不强、保水保肥性差、地力差等问题，正是受土壤中的团粒结构、有机质、腐殖酸和腐殖质的影响，而这些物质的形成又受土壤中微生物的作用。