当前，在种植抗虫棉存在的有以下的问题：
1、种植抗虫杂交棉的密度是越来越稀疏，造成单产量的水平大幅度的降低，植棉效益也随之降低；
2、施用肥料的次数太多，进行追肥的操作不合理，导致肥料的利用率非常，效益也是很低，还造成面源染；
3、盲目的使用除草剂造成棉花普遍的产生药害，具有灭生性的除草剂草甘膦缺少解除毒性的剂。
关于上面所讲述的问题，有关人员提出了抗虫杂交棉科学栽培密度以及管理技术，开发出了缓控释肥料的生产工艺、缓控释材料以及棉花缓控释肥的专用配方，建造了具有规模化的栽培棉花的专用配方缓控释肥的生产线，并提出了合理使用棉花除草剂的技术规范以及研发出草甘膦的剂。
对于提高抗虫杂交棉产量的技术有：
、倡导使用抗虫杂交棉增加密度降低氮素技术。植株的行距从之前的120厘米缩窄到约100厘米左右，收获的密度是每亩1800株到2000株；每亩的氮元素降低到20公斤，每亩增加施用氧化钾5公斤，根据氮磷钾的比例1∶0.4-0.5∶0.8-0.9，增加施用有机肥，测土配方进行用肥。
第二、使用专用配方缓控释肥能够做到肥料营养成分的释放速率以及棉花成长所需求基本同步，一次性的施用基肥就能够满足正常生育期的需求，使施肥次数降低到1到2次，省工五十；相比于祥通养分的普通复合肥，肥料利用率提升到十之上；在保持相同等产量的情况下，对于单位面积施用肥料的量降低十五之上，可以降低施用肥料成本二十之上；还能够“肥水碰头”等文帝，有效的防止灾害。
第三、规定棉田使用除草剂的技术；研究开发防毒剂以及剂，这样能够降低草甘膦对作物的危害。