还有一种根腐病，它专门危害牡丹根部，病状是根部变黑、腐烂，妨碍生长，重的可导致整枝死亡。
防止此病在分株栽植时就要认真检查，若发现有病根，一定要剪除烧掉，并于栽植时在栽植穴中撒些硫磺粉。
常见的虫害为吹绵介壳虫。可用40%的氧化乐果乳剂加1500倍水溶液喷洒，入冬或早春时用石硫合剂涂在枝干下部，也有较好的效果。
牡丹系肉质根，稍能耐旱，怕积水，故浇水是否得当，是盆栽牡丹成败的一个关键问题。
一般早春出室的牡丹，应先施一次肥水，然后浇透水，水稍干后松土。以后浇水应根据天气、盆土情况，适时、适量进行，经常保持盆土湿润，有利牡丹生长开花。合理的浇水，应该是见干见湿，不宜浇大水，防止盆内积水，以免烂根落叶。 牡丹开花时，可设棚覆盖或暂时放在室内，避免阳光直射，这样可延长开花期，对主枝顶芽是叶芽的，应摘去，以免徒长，影响开花。
为使牡丹开花鲜艳，花期可用0.5%-1%的磷酸二氢溶液进行叶面喷施2-3次。牡丹花谢后，要进行一次整形修剪，及时剪去残花及花梗，不令结籽，保留茎部的1-2个外侧芽，这样可使植株生长旺盛，次年开花。 牡丹虽然较耐寒，但在华北等寒冷的地区，立冬前后，应搬入室内，放在房间的向阳处，室温保持0度左右即可。次年出室不宜过早，须待清明前后再出室。不太寒冷的地区，可选隐风处将花盆埋入土壤内，使盆面与地面平齐，以保持盆土的湿度和温度，也可牡丹越冬。
待第二年春天牡丹花现蕾后，再连盆将牡丹从地中挖出，进行正常管理。 牡丹常见的病害是褐斑病，初起时叶面出现黄绿色斑点，以后逐渐扩大，形成褐色或黑色斑纹。可用波尔多液每月喷1-2次，若病情严重则可喷3次。对染病较重的叶子要剪下烧掉，以防蔓处延。