（1）选用红肉网纹甜瓜、白雪公主、随州大白甜瓜等抗（耐）病品种和伊利沙白、红甘露、新蜜杂7号、巴的、黄旦子、绿珍珠等早熟品种。
（2）与非瓜类作物进行5年以上轮作，是水旱轮作。
（3）施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟的有机肥或在土壤中添加0.5%的s—H添加剂（稻壳、蔗渣、虾壳粉等加尿素、过磷酸钙、硝酸钾制成），可减少枯萎病发生。对酸性土壤应施用消石灰，每667平方米100～150kg把土壤pH调到中性。
（4）种子或包衣
①浸种种子可用40%福尔马林150倍液浸种30分钟，捞出后用清水冲洗干净再催芽播种；也可用50%甲基硫菌灵或多菌灵可湿性粉剂浸种30～40分钟。
②用种子重量0.2%～0.3%的40%拌种双粉荆或50%多菌灵可湿性粉剂拌种。
（3）种子包衣。方法见立枯病。
（5）采用营养钵育苗，移栽时用双多悬浮剂（西瓜重茬剂）和神奇不朽300～350倍液灌穴，每穴0.5kg，每667m2用药lkg；对直播的在播种和甜瓜5～6片真叶时分别灌双多悬浮剂600～700倍液，每穴灌对好的药液0.5kg，每667m2两次用药Ikg。
（6）坐瓜后发病前或发病初期，除采用上述药剂外，还可选用10%双效灵水剂200倍液或41%聚砹嘧霉胺600倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、38%恶霜嘧铜菌酯800倍液、20%甲基立枯磷乳油1000倍液、12.5%增效多菌灵浓可溶剂200～300倍液、60%琥；乙膦铝可湿性粉剂350倍液灌根，每株灌对好的药液100毫升，隔10天再灌一次，连续防治2～3次。对枯萎病一定要早防、早治，否则效果不明显。此外，于定植后开始喷洒液体法生产的细胞分裂素500～600倍液，隔7～10天1次，共喷3～4次，可明显提高抗性，如能加入0.2%磷酸二氢钾或0.5%尿素或喷洒喷施宝每毫升加水11～12升、植宝素7500倍液、救世主、神奇不朽、惠满丰活性液肥，每667m2400～500毫升，对水400～500倍液，也可喷洒促丰宝600～800倍液。
（7）甜瓜枯萎病发生重的地区或田块，提倡选用云南黑籽南瓜或南砧1号做砧木，用适合当地的优良甜瓜品种做接穗进行嫁接。嫁接苗对枯萎病防效达90%以上。方法参见西葫芦枯萎病。采用靠接或插接法，进行嫁接后置于塑料棚中保温、保湿，白天控温28℃，夜间15℃，相对湿度90%左右，经半个月成活后，转为正常管理。采用靠接法的，成活后要把甜瓜根切断。定植时埋土深度掌握在接口之下，才能确保防效。
（8）重病田可穴施药土，药土的比例为1:100，在穴内下铺、上盖，然后覆土。可选择的药剂有70%甲基硫菌灵，50%多菌灵等。