金桔在生长发育过程中的常见病虫害有：根腐病、潜叶娥、玉带凤蝶、柑桔全爪瞒等。
（1）金桔根腐病。此病多由土壤渍水而引起，盆栽者烂根的比较多。
防治方法：宜注意排除地下水，盆栽时要让苗和盆的大小相称，盆土不能过湿，以增强树势，减少发病率，初发生时可适当节水、排水，严重时很难恢复，应及早除去病株，加强健壮的管理。
（2）金桔潜叶蛾。多以幼虫潜入金桔叶片背面表皮下，形成弯弯曲曲的虫道，被害叶片常常卷曲脱落，严重影响长势和开花结果。
防治方法：春季新梢大量萌发；梢长不超过1厘米时，可用生物农药苏云金杆菌100倍液进行喷雾防治，效果很好，且可防止果也可用氧化乐果乳油1000倍液进行喷雾防治。
（3）柑桔全爪瞒。柑桔全爪蜗又叫红蜘蛛、黄蜘蛛，危害金桔叶、梢和果实，以叶片受害重，6-9月发生盛。叶片受害时正面出现许多灰白色小点，失去光泽，严重时一片粉白，造成大量落叶。
防治方法：发生期可用0.3度石硫合剂或40%乐果乳剂1000倍液，或20%螨卵酯可湿性粉剂700倍液喷雾防治，每半个月1次，喷3-4次，效果显著。
（4）玉带凤蝶。此虫以幼虫危害叶片，幼嫩叶常被吃光，较老叶也常被吃得只留主脉。
防治方法：①冬季发现植株上有越冬的蛹应及时人工摘除；②凤蝶幼虫体较大，容易被发现，零星发生时，可及时捕杀；③幼虫发生期，可用90%敌百虫原药800倍液喷雾防治。